自1985年开始,大批科学家涌向偏远的富产珍珠的卡特哈克岛,在此进行各种试验研究。直到1988年,致命流感在世界范围内蔓延,为了拯救人类,科学家们召集一群志愿者在卡特哈克岛进行转基因疫苗的试验。他们将一种寄生虫注入人类体内以增强体质,试验虽然初见成效,但大多数参与试验的人员都死于非命。
杰米·阿克曼(Mircea Monroe 饰)是这场灾难的少数幸存者之一。20年后,为了处理父辈的遗产,杰米和男友、兄长再次返回这个充满了恐怖回忆的小岛。有的人希望通过她找到杀死寄生虫的办法,而与此同时,最新变种寄生虫正在肆意蔓延,岛民的生命受到更大的威胁……
皮尔森(凯文?尼龙 Kevin Nealon 饰)带着家人来到郊外的别墅和弟弟一家一起避暑度假。一场看似普通的流星雨让4个带着可以控制人思维的高科技仪器企图侵略地球的外星人迫降在别墅的阁楼里。他们起初利用控制贝瑟尼(阿什丽?提斯代尔 Ashley Tisdale 饰)的男朋友里基(罗伯特?霍夫曼 Robert Hoffman 饰)悄然打入这家人中,可不料还是被皮尔森家的孩子们敏锐的觉察到。虽然家里的大人不相信小孩子们的说法,可孩子们还是渐渐意识到了家中阁楼上这四个外星人存在的巨大潜在危机,悄悄的团结在一起开始了一场人类保卫战。而那四个外星人也不甘示弱,面对孩子们制造出的各种新奇的小武器,他们用控制人思维的机器控制了家里的大人来反攻这些孩子们。可这四个外星人里有一个例外,就是技师斯帕克斯,原本就无心恋战的他更是机缘巧合的和汉娜结成了好友,弃暗投明的开始...
军方和汽车人的秘密合作计划面临被取消的危险,而重新复活的威震天和红蜘蛛引领霸天虎军队,密谋夺取能量源,企图在地球掀起又一场腥风血雨。此时主人公萨姆(希安·拉博夫 Shia LaBeouf 饰)告别相恋的女友米凯拉(梅根·福克斯 Megan Fox 饰),要开始自己梦寐以求的大学生活了,但一切似乎都不那么顺利,一块小小的魔方碎片似乎在给予萨姆某种启示。为了获取魔方里的信息,霸天虎开始了对萨姆的追击,擎天柱为了保护萨姆而牺牲,萨姆受其感召,决定重新担负起自己的使命。萨姆在自己室友里奥(雷蒙·罗德里格斯 Ramon Rodriguez 饰)和“机器战士”西蒙斯(约翰·托尔托罗 John Turturro 饰)的帮助下,与女友米凯拉根据魔方碎片给萨姆的提示来到了埃及,他们在金字塔里发现了能量源。而此时,霸天虎的军队也赶到了埃及。军方此时有一小队人马也在西荤斯的要求下带着擎天柱的尸体来到了埃及,善恶双方力量在那片金色的沙漠展开了殊死搏斗